První vzlet prototypu L-39NG s výrobním číslem 7001 a evidenčním číslem 0475 se uskutečnil 22. prosince 2018. V roce 2020 letoun prošel sérií letových zkoušek na letišti Vodochodech, kde dosáhl plného rozsahu plánovaných výšek a rychlostí, a tím prokázal spolehlivost a odolnost konstrukce letounu. Následně „Engéčko“ získalo typový certifikát, který potvrdil jeho schopnost mezinárodního letového provozu a vyhověl všem bezpečnostním požadavkům. Český proudový letoun byl také jedním z prvních, jenž byl certifikován podle nových mezinárodních vojenských standardů (EMAR 21, EMACC).
„L-39NG je dnes všestrannou platformou kombinující moderní avionické systémy, účinný proudový motor a vynikající letové vlastnosti. Splňuje podmínky pro komplexní a nákladově efektivní výcvik budoucích stíhacích pilotů, je vhodná pro plnění průzkumných i lehkých bojových misí," uvedl Viktor Sotona, prezident a předseda představenstva společnosti Aero.
Piloti Armády České republiky z 21. základny taktického letectva v Čáslavi a ze Správy letiště Pardubice si L-39NG poprvé vyzkoušeli v roce 2021. První český vojenský pilot v kokpitu L-39NG byl velitel 213. výcvikové letky Martin Pelda. Ve stejném roce se nový cvičný letoun z Aero prvně ukázal české veřejnosti v dynamické prezentaci na Dnech NATO v Ostravě.
V roce 2022 Aero podepsalo s Velitelstvím maďarských obranných sil smlouvu na dodávku 12 kusů letounů L-39NG a příslušných podpůrných služeb. V tomto roce letoun L-39NG získal po pětiletém certifikačním procesu typovou certifikaci bez omezení, která je hlavní podmínkou pro registraci jednotlivých letadel u zákazníků. Certifikát potvrdil kompatibilitu L-39NG se všemi požadavky a systémy v rámci států EU i NATO.
Důležitý krok oživení a záletu každého letounu (spojení trupu s křídlem) proběhlo v Aero 29. listopadu 2022. Engéčko se stalo první sériově vyrobeným letounem ve společnosti Aero po 20 letech. Jeho funkce byly otestovány piloty Aero v rámci standardního programu továrního záletu od ověření motoru přes řiditelnost až po chování letounu ve všech fázích letu.
V minulém roce byla zahájena sériová výroba čtyř letounů L-39NG pro státní podnik LOM Praha. Tyto letouny budou sloužit k výcviku českých vojenských pilotů v Centru leteckého výcviku v Pardubicích. Letoun L-39NG taktéž získal certifikaci pro tzv. východní konfiguraci, včetně avionického systému, takže může kromě cvičných úkolů plnit i lehké bojové mise. Tradiční český výrobce může testovat potenciální výzbroj letounu na vlastní tunelové střelnici ve svém areálu ve Vodochodech.
Aero v roce 2023 také navýšilo výrobní kapacity a zavedlo druhé směny na montážních linkách určených k produkci letounu L-39NG. Další vývoj avionických systémů a interaktivního rozhraní dokumentace k cvičnému letounu L-39NG začal probíhat v nově otevřeném vývojovém centru v Brně.